开发RNA测序技术的“重点研究组织”
RNA疗法由于便宜且易于制作而变得越来越受欢迎，但是当今的测序技术依赖于将RNA转换回cDNA，这使RNA的150多种不同化学修饰的碱基仅倒入了四个基础。为了解决这一知识差距，该项目旨在开发专门针对RNA的直接测序工具，包括化学修饰，以使RNA碱基的完整测序并改善RNA疗法。
问题陈述
RNA编码指导细胞功能的调节信息。这些动态信息写在四个规范的基础上，每个基础都可以化学修改以创建150多个不同的基础。如今，RNA的序列主要是通过将RNA转换回cDNA获得的，然后将其测序。在逆转录过程中，所有对RNA的修改都会丢失。这种知识差距大大削弱了我们对人类疾病的理解和治疗。
项目概念
作为一个专注的研究组织，该项目将招募一个跨学科团队开发低成本的桌面设备，该设备可以像我们对DNA顺序一样准确地对RNA进行序列，并使该产品可用于整个研究人员。我们建议1）改善高分辨率成像技术，2）开发用于RNA测序的单细胞质谱，3）提高纳米孔技术以增强其准确性和分辨率。最终，成像技术将与质谱或纳米孔技术结合起来，以从亚细胞位置提取全长RNA转录本，然后对其进行序列。同时，我们将开发算法来否定数据并构建数据显示，以定量反映RNA转录本的位置及其序列，并通过所有修改。
什么是专注的研究组织？
专注的研究组织（FROS）是时间限制的以任务为中心的研究团队，就像一家初创公司一样，以应对特定的中期科学或技术挑战。FRO项目旨在生产作为公共产品的变革性新工具，技术，流程或数据集，为研究社区创造新的功能，以更广泛地加速科学和技术进步。至关重要的是，由于激励措施，过程，任务或文化冲突，现有研究资金来源所留下的裂缝通常落在裂缝之间。代理商可以利用这些实体来实现其使命并提高科学进步的项目概念可能有很多项目概念。
该项目适用于for式的方法，因为学术界太孤立了，无法支持这将需要的大规模，跨学科研究项目，而当前提供基于DNA的RNA测序工具的公司没有动机来对当前方法进行调整。
该项目将如何受益科学进步
使用所有化学修饰的直接RNA测序技术的开发将使人类RNOME项目的执行能力，这预计将由美国国家科学学院，工程和医学报告（NASEM）在RNA测序上产生。类似的NASEM报告导致了人类基因组项目的创建。人类RNOME项目旨在识别RNA的所有可能化学修饰，并创建真正的RNA序列，IE。rnome。直接RNA测序技术还将使科学家能够对RNA病毒的完整基因组进行测序，例如SARS-COV-2，乙型肝炎病毒和流感病毒，并加速这些病毒和其他疾病的新RNA疗法的发展。
关键联系人
作者
- 密歇根大学生命科学学院密歇根大学的维维安·张vgcheung@umich.edu
- 锡拉丘兹大学乔治·兰福德
推荐人
- 美国科学家联合会Matt Hourihan，mhourihan@金博宝网站www.tumejico.com
- 美国科学家联合会爱丽丝·吴（Alice Wu）awu@金博宝网站www.tumejico.com
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