除了1972年南苏丹叛乱分子(安雅)和苏丹政府在亚的斯亚贝巴通过谈判建立的脆弱和平，一直持续到1983年冲突重新爆发，南苏丹一直是战场。苏丹两个地区之间的南北区别和敌意是基于宗教冲突以及具有不同文化和语言的人民之间的冲突。北方的语言和文化以阿拉伯语和伊斯兰教信仰为基础，而南方则有自己多样化的，主要是非阿拉伯语的语言和文化——除少数非穆斯林外，其宗教特征是本土的(传统或基督教)。
南方内战的起源可以追溯到20世纪50年代。1955年8月18日，由南方人组成的赤道军团在托里特叛变。许多反叛者没有向苏丹政府当局投降，而是带着武器消失了，这标志着苏丹南部的第一次战争开始了。到1960年代末，战争已造成约50万人死亡。还有数十万南方人躲在森林里或逃到邻国的难民营。到1969年，叛军已经与外国建立了联系，以获得武器和补给。例如，以色列训练了Anya Nya的新兵，并通过埃塞俄比亚和乌干达向叛军运送武器。Anya Nya还从刚果叛军那里购买了武器。1969年政变后，政府对叛乱分子的行动有所减少，以1972年保证南部地区自治的亚的斯亚贝巴协议告终。
1983年，尼迈里总统实行伊斯兰教法，内战恢复，从1997年到现在，已经造成150多万苏丹人死亡。主要的叛乱派别是苏丹人民解放运动(SPLM)，这是一个由苏丹人民解放军(SPLA)创建的组织。苏丹人民解放军成立于1983年，当时SPAF的中校John Garang被派去镇压博尔的一场由500名南方士兵组成的兵变，这些士兵拒绝命令被轮换到北方。加朗非但没有结束兵变，反而鼓励其他驻军的兵变，并领导了反对喀土穆政府的叛乱。加朗是丁卡人，出生在一个基督教家庭，曾在爱荷华州格林内尔学院学习，后来回到美国，在乔治亚州本宁堡(Fort Benning)学习连长课程，又在爱荷华州立大学(Iowa State University)获得高级经济学学位。到1986年，苏丹人民解放军估计有12 500名追随者，分成12个营，配备小型武器和几枚迫击炮。到1989年，苏丹人民解放军的人数已达20 000至30 000人;到1991年，估计有50 000至60 000人。
自1983年以来，苏丹人民解放军分成3个主要派别:约翰·加朗领导的苏丹人民解放军托里派;Carabino Kuany Bol领导的苏丹人民解放军Bahr-al-Ghazal派系;以及里克·马查尔领导的南苏丹独立运动。这些内部分歧加剧了南部的战斗，阻碍了任何可能的和平解决。苏丹人民解放军仍然是叛乱的主要军事力量。
1997年4月，南苏丹独立运动/军队（SSIM / A）脱离SPLA，几个较小的南方各派与政府结束了和平协议。这些前叛乱元素随后形成了美国民主救恩前沿（UDSF）。然而，SPLM，其武装翼，SPLM / A以及大多数独立的分析师都认为4月21日协议作为征领南方的战术政府努力。国家民主联盟（NDA）的SPLM / A及其北方盟友（NDA）在与埃塞俄比亚和厄立特里亚的边界和厄立特里亚的地区开展了成功的军事攻击，并在今年南部的大部分地区。两方面都没有赢得军事赢得战争的能力。
1996年，美国政府决定通过埃塞俄比亚、厄立特里亚和乌干达等“前线”国家，向苏丹反对派提供近2000万美元的军事装备，以帮助他们推翻喀土穆政权。美国官员否认对苏丹人民解放军和苏丹盟军(SAF)的军事援助——包括收音机、制服、靴子和帐篷——是针对苏丹的，被描述为“非致命性的”。五角大楼和中央情报局认为苏丹是仅次于伊朗的第二大国际恐怖主义集结地。中央情报局局长约翰·多伊奇于1996年4月对埃塞俄比亚首都进行了为期3天的访问，他在访问中指出，资金已大大增加，用于采取更积极的政策，包括先发制人地打击恐怖分子及其赞助者。据报道，美国军队的几个作战分遣队——阿尔法(也称为A-Teams)正在支持苏丹人民解放军的行动。