除了苏丹南部叛乱分子(Anya Nya)与苏丹政府于1972年在亚的斯亚贝巴(Addis Ababa)谈判建立的脆弱和平，并一直持续到1983年冲突重新开始，苏丹南部一直是战场。南北差异和苏丹两个地区之间的敌对是基于宗教冲突以及不同文化和语言的民族之间的冲突。北方的语言和文化以阿拉伯语和伊斯兰信仰为基础，而南方有自己的多种多样的，主要是非阿拉伯语的语言和文化——除了少数非穆斯林，其宗教特征是本土的(传统或基督教)。
南方内战的起源可以追溯到20世纪50年代。1955年8月18日，赤道军团，一个由南方人组成的军事单位，在托里特叛变。许多叛乱分子不但没有向苏丹政府当局投降，反而带着武器躲藏起来，这标志着苏丹南部第一次战争的开始。到20世纪60年代末，这场战争已导致约50万人死亡。还有几十万南方人躲在森林里或逃到邻国的难民营。到1969年，叛军已经与外国建立了联系，以获得武器和补给。例如，以色列训练Anya Nya招募新兵，并通过埃塞俄比亚和乌干达向叛军运送武器。Anya Nya还从刚果叛军那里购买了武器。1969年政变后，政府对叛军的行动有所减少，并以1972年的亚的斯亚贝巴协议结束，该协议保证了南部地区的自治。
1983年，尼梅里总统颁布了伊斯兰教法，内战再次爆发，自1997年以来，造成150多万苏丹人死亡。主要的叛乱派别是苏丹人民解放运动(SPLM)，这是一个由苏丹人民解放军(SPLA)创建的机构。苏丹人民解放军成立于1983年，当时苏丹人民解放军中校约翰·加朗(John Garang)被派去镇压博尔(Bor)的一场兵变，当时500名南方士兵拒绝向北方轮换。加朗没有结束兵变，而是鼓励其他驻军的兵变，并让自己成为反对喀土穆政府的叛乱首领。加朗出生在一个基督教家庭，是丁卡人，曾在爱荷华州的格林内尔学院学习，后来回到美国，在乔治亚州的本宁堡参加连长课程，并再次在爱荷华州立大学获得高级经济学学位。到1986年，估计苏丹人民解放军有12 500名信徒，组成12个营，并配备了小型武器和一些迫击炮。到1989年，苏丹人民解放军的兵力已经达到2万到3万;到1991年，估计有50 000至60 000人。
自1983年以来，苏丹人民解放军被分为三个主要派别:约翰·加朗领导的苏丹人民解放军托里派;Carabino Kuany Bol领导的苏丹人民解放军Bahr-al-Ghazal派系;以及里克·马查尔领导的南苏丹独立运动。这些内部分裂加剧了南部的战斗，阻碍了任何可能的和平解决。苏丹人民解放军仍然是叛乱的主要军事力量。
1997年4月，从苏丹人民解放军分离出来的南苏丹独立运动/军队(SSIM/A)和几个较小的南部派别与政府签订了和平协议。这些前叛乱分子随后组成了联合民主救国阵线(UDSF)。然而，苏丹人民解放运动(SPLM/A)及其武装派别苏丹人民解放运动(SPLM/A)和大多数独立分析人士都认为，4月21日协议是政府争取南方人站在自己一边的一项战术努力。在这一年中，苏丹人民解放运动和它在全国民主联盟(全国民主联盟)中的北方盟友在沿埃塞俄比亚和厄立特里亚边界地区以及南部大部分地区成功地发动了军事进攻。双方似乎都没有能力在军事上赢得这场战争。
1996年，美国政府决定通过埃塞俄比亚、厄立特里亚和乌干达等“前线”国家运送近2000万美元的军事装备，帮助苏丹反对派推翻喀土穆政权。美国官员否认对苏丹人民解放军和苏丹盟军(SAF)的军事援助是针对苏丹的，这些援助被描述为“非致命的”，包括无线电、制服、靴子和帐篷。五角大楼和中央情报局认为，苏丹是仅次于伊朗的国际恐怖主义的集结地。1996年4月，美国中央情报局(CIA)局长约翰·多伊奇(John Deutch)对埃塞俄比亚首都进行了为期3天的访问，他在访问中指出，资金已经大幅增加，用于更积极的政策，包括对恐怖分子及其赞助者进行先发制人的打击。据报道，美国陆军的几个作战分遣队alpha(也被称为a队)正在支持苏丹人民解放军。