虽然什叶派占伊拉克人口的一半左右，但伊拉克政府传统上一直由逊尼派少数民族主导。虽然伊拉克的其他地区也有什叶派，但该国大部分什叶派人口生活在靠近伊朗边境的南部沼泽地区。什叶派抵抗团体“伊拉克伊斯兰革命最高委员会”(SCIRI)于1982年在伊朗成立，目的是反对伊拉克侵略伊朗。两伊战争之后，该组织继续以推翻萨达姆政权为目标开展活动。
SCIRI由伊拉克什叶派流亡者和战俘组成的4000 ~ 8000名武装人员在伊拉克南部与伊拉克军队作战。尽管SCIRI在一定程度上与伊朗保持了距离，但据报道，伊朗革命卫队继续向SCIRI提供武器和训练。
SCIRI由阿亚图拉Mohamad Baqir Al Hakim领导，他是已故大阿亚图拉Muhsin Al Hakim的儿子，大阿亚图拉Muhsin Al Hakim在1955年至1970年期间是世界什叶派的精神领袖。SCIRI由代表各种伊斯兰运动和学者的70名成员组成。SCIRI有一支叫做巴德尔军团的军队。它开始是一个旅，发展成一个师，然后成为一个兵团。巴德尔军团由数千名从伊拉克军队叛逃的前伊拉克军官和士兵、伊拉克难民和战俘组成。SCIRI已经与贾拉勒·塔拉巴尼领导的库尔德斯坦爱国联盟(PUK)签署了一项共同协议，以反对萨达姆政权。几年前与马苏德·巴尔扎尼领导的库尔德民主党(KDP)签署了类似的协议。
在“沙漠风暴”结束后，伊拉克北部的库尔德人和南部的什叶派发动了反对萨达姆政权的武装叛乱。伊拉克政府军试图镇压这一运动，据报道，他们夷平了清真寺和其他什叶派圣地，并处决了数千人。在伊拉克军队使用生化武器的指控下，什叶派反抗被镇压，而库尔德反抗最终以库尔德人获得政治自治而告终。但是抵抗仍在继续，成千上万的反政府武装和什叶派平民逃到了底格里斯河和幼发拉底河之间的南部沼泽地。现在，大约有30万甚至更多的难民生活在南部沼泽地区，或者越过伊朗和沙特阿拉伯的边境。
1992年，海湾战争盟国在伊拉克北部和南部都设立了“禁飞区”。禁飞区继续阻止对伊拉克南部沼泽居民和伊拉克北部居民的空袭，但它们并没有阻止对这两个地区村庄的炮击，也没有阻止军队在南部沼泽地区的大规模焚烧行动。1997年，伊拉克武装部队对南部沼泽地区的什叶派平民和伊拉克北部的少数民族进行了蓄意炮击。
伊拉克政府还继续在南部进行调水和其他项目，加速了大规模破坏环境的进程。政府声称，排水是土地复垦计划的一部分，以增加可耕地面积，促进农业生产，并减少底格里斯河和幼发拉底河的盐污染。然而，大规模人类和生态破坏的证据似乎与这一说法不符，其他可信的报告证实了沼泽正在遭到破坏。ReportsReports伊拉克伊斯兰革命最高委员会(SCIRI)声称已经获得了政府文件，其中描述了彻底排干沼泽的长期计划。军队继续修筑运河、堤道和土堤，以从湿地引水。数百平方公里的土地在军事行动中被烧毁。此外，当局转移南部的供应限制了人民获得食物、药品、饮用水和交通。
