日本海上自卫队(JMSDF)为保卫日本而进行的行动有两种:保卫海上交通和保卫日本领土。对于几乎所有能源和食品都依赖外国供应的日本来说，海上交通中断对国民生活的影响是相当严重的。也可以说，在这种情况下，对世界经济的影响是巨大的。因此，日本海上自卫队必须将监视、护卫、防卫港口和海峡等各项作战有效地结合起来，确保海上交通不受敌方潜艇、水面舰艇、飞机的攻击。如果侵略的目的是占领领土，必须在海上制止它，以防止对我国领土的直接损害。为此，日本海上自卫队与日本海上自卫队和日本海上自卫队合作，摧毁敌人的水面舰艇和飞机，并根据情况在预期的登陆点周围埋设水雷，为日本的防御作出贡献。
这个国家在很大程度上依赖于保持对区域和全球航道和渔区的通行，但它无法捍卫其所依赖的海上航线。它的能源供应主要来自中东，其油轮必须穿越印度洋、马六甲海峡和南中国海，这使得它们容易受到东南亚敌对行动的影响。远洋贸易被拦截的脆弱性仍然是该国最大的战略弱点。从1981年5月首相铃木曾子（Suzuki Zenko）表示日本将试图在1000海里范围内捍卫其海上通信线（SLOC）开始，克服这一弱点的努力就遭到了争议。在防卫厅内部，一些人认为MSDF在捍卫SLOC方面的作用是“不现实的、未经授权的和不可能的”。即使是这一计划最坚定的支持者也承认，宪法和其他法律限制会将MSDF的积极参与限制在日本受到直接攻击的情况下。然而，日本可以向美国海军提供监视援助、情报共享和搜救支持。
大量沿海商业捕鱼和海上交通限制在役海上训练，特别是在相对较浅的水域需要进行布雷、扫雷和潜艇救援实践。训练日安排在冬季和夏季的捕鱼淡季，一年大约有10天。海上自卫队拥有两艘远洋训练船，并每年对一年期军官候补学校的毕业生进行远程在职培训。
海军执行防卫任务的能力因任务的不同而不同。海上自卫队的训练强调反潜和防空作战。国防规划者认为，打击潜艇最有效的方法是调动所有可用的武器，包括水面战斗人员、潜艇、飞机和直升机，这些武器的数量和军备在中期国防评估中都有所增加。然而，在抵御空袭的能力方面，仍然存在一个关键的弱点。由于海上自卫队的大部分空军部队都被部署在反潜作战中，因此必须依靠日本海上自卫队提供空中掩护，这与日本海上自卫队的主要任务——本土岛屿防空——是不相匹配的。扩大海上航道巡逻也超出了日本自卫队的能力。舰队提供舰载防空保护的能力受到缺乏航空母舰和舰载远程地对空导弹和近程武器数量不足的限制。舰队还缺乏正在航行的补给船，在所有领域严重缺乏后勤保障。这些弱点严重损害了海上自卫队执行任务的能力，以及独立于美国空军和美国第七舰队的能力。
后来在日本领海发现两艘北韩间谍船时，日本海军时隔54年再次向北韩开火。海上自卫队由海上参谋总长指挥，包括海上参谋办公室、自卫队舰队、5个地区司令部、空中训练中队和医院、学校等各种支援部队。海事参谋办公室位于东京，由总参谋长负责指挥和监督这支部队。日本自卫队的总部设在横须贺，负责保卫日本群岛周围的所有水域。它指挥着四个护航舰队(两个在横须贺，一个在佐世保，一个在舞鹤)，舰队空军总部在敦木，两个潜艇舰队在库雷和横须贺，两个扫雷舰队在库雷和横须贺，舰队训练司令部在横须贺。
五个地区单位与船队协调行动，保卫其管辖范围内的水域，并提供岸上支持。地区总部位于大门町、美祖鲁、横须贺、库尔和佐世保。
海上自卫队新兵要接受三个月的基本训练，之后还要接受巡逻、射击、扫雷、护航、海上运输等课程。所有高中毕业的飞行学生都要参加为期两年的课程。军官候补学校为合格的应征人员和完成飞行学校的人提供六个月的课程。四年制大学和四年制国防学院的毕业生，特别是优秀的现役人员，在埃塔岛军官候补学校(前海军军官学校所在地)接受为期一年的军官课程。在潜艇任务和飞行训练等领域，也有为军官提供的特别高级课程。日本海上自卫队在东京为高级军官开设了自己的参谋学院。
海上自卫队(MSDF)在1992年的授权兵力为4.6万，维持了约4.44万名人员，拥有155名主要战斗人员，包括13艘潜艇、64艘驱逐舰和护卫舰、43艘水雷战船和艇、11艘巡逻艇和6艘两栖船。该航班还搭载了205架固定翼飞机和134架直升机。这些飞机大部分用于反潜和水雷作战。海上自卫队以前的部队结构强调反潜和水雷战。
1995年12月，对决定日本防卫能力的《国防计划大纲》进行了审查并重新制定。重组后，海上自卫队将成为一支功能更加平衡的部队，能够开展各种行动，从对周围海域的监视和巡逻，到诸如救灾活动等公共福利支持。通过审查后方和前方部队之间的平衡，MSDF确定以下组织变革是必要的，以便在优化有限资源的同时最大限度地提高部队效能。首先，地区驱逐舰部队的数量将从10个调整到7个。第二，两个扫雷船队将合并为一个船队，最后，陆基巡逻机的数量将从16架调整为13架。
潜艇部队在主要海峡从事监视和防御工作。为了确保日本海上运输的安全，日本海上自卫队有必要保持在大豆海峡、小津海峡、对马海峡各部署2艘潜艇的态势。为了保持这种能力，考虑到潜艇基地和潜艇从事监视和防御的海域之间的地理关系，有必要拥有6个师和16艘潜艇。海上自卫队将维持6个师和16艘潜艇。
根据先前的大纲，扫雷部队作为在必要时清除和处置主要港口和海峡中埋设的地雷的船舶部队，按照日本的地理特点，由两支扫雷船队组成，分别分配到日本东部和西部海域。在MSDF的新结构下，从保持最低功能的角度来看，两支舰队将统一为一支。
新增陆基巡逻机中队13个中队，比《纲要》新增的16个中队有所增加。具体来说，在附近海域进行监视的固定翼巡逻机部队将从10个减少到8个中队，在主要港口和海峡进行监视防御的陆基巡逻直升机部队将从6个中队减少到5个中队。此前被称为“反潜机”的飞机在新大纲中被称为“巡逻机”，因为反潜机将在海上进行广泛的监视巡逻，而不限于反潜任务。至于固定翼巡逻机部队，MSDF先前拥有8个中队，其中80架飞机需要在必要时每天至少在日本附近海域进行一次巡逻，以及两个中队，其中20架飞机能够护航船只。在新的MSDF结构下，将取消两个中队，其中20架飞机参与后一项任务，因为不再从国防建设的角度考虑派遣巡逻机护送船只。在陆基巡逻直升机部队方面，日本海上自卫队此前拥有6个中队，分别部署在小津海峡和对马海峡，以及经韩、阪神、日本海、冲绳等4个地区，负责海峡和港口的防卫。在新结构下，海上自卫队将拥有5个中队，每5个防卫区各1个中队。由于MSDF的结构变化，作战飞机的数量将从先前大纲中的220架减少到170架左右。