防卫厅和自卫队都由同一个防卫组织组成。然而，国防局一词用于指负责管理、运营GSDF、MSDF和ASDF等的行政组织，而SDF一词用于指为国家国防和其他目的开展部队活动的武装组织。自卫队由隶属于总理的民防局控制。尽管自卫队训练有素，完全有资格执行分配给他们的有限任务，但自卫队规模小，人员不足，装备不足，无法进行更广泛的军事行动。其活动仅限于救灾和有限的联合国维和行动。
第二次世界大战后，日本帝王军和海军被解散，旧政权被民主政府取代。第9条日本新宪法的宪法放弃了战争甚至拥有战斗潜力。然而，冷战和朝鲜战争迫使日本重新建立防御能力。第9条授予日本的宪法解释是自卫的固有权，拥有行使权利所需的最低武装实力。
丧失战争，占有战争潜力，交战者的权利以及核武器的权利，日本认为它应该只拥有面对外部威胁所必需的最低辩护。在这些限制中，1954年的自卫部队法律提供了SDF任务的各种制剂的基础。法律规定了基础，海上和空军，以保护国家的和平与独立，并通过在陆地，海上和空中进行运营来维护国家安全，以防止国家免于直接和间接侵略。
为了避免军国主义死灰复燃，日本领导人强调宪法保障文官控制政府和军队，并对军队的组织和职能使用非军事术语。整个组织被称为国防局，而不是国防部。武装部队被指定为地面自卫队（GSDF）、海上自卫队（MSDF）和空中自卫队（ASDF），而不是陆军、海军和空军。
根据1954年的《自卫队法》，国防机构的组织是为了确保军队的文官控制。其结果是形成了一个独特的军事体系。从技术上讲，自卫队的所有人员都是平民。穿制服的人属于特殊公务员，隶属于管理防卫厅的普通公务员。没有军事机密法，军事人员所犯的罪行——无论在基地或基地外，值勤或不值勤，军事或非军事性质——都由适当司法管辖区的民事法庭按照正常程序裁决。
1957年内阁通过的《国防基本政策》规定了完成这些任务的总体框架；该政策仍然有效。根据该文件，国家安全将通过支持联合国来实现在联合国有效运作之前，通过稳定国内事务和增进公共福利，逐步发展有效的自卫能力，以及在日美安全安排的基础上应对外部侵略，促进国际合作。
日本的国防政策是基于维护相互合作的1960年的协议和安全与美国,在日本认为单方面负责内部安全与美国同意加入日本防御日本或其领土遭到袭击的事件。尽管自卫队的规模和能力一直限制着它们的作用，但直到1976年，防卫计划的重点是发展足以应对潜在地区对手的常规能力的力量。从1976年开始，日本政府的政策是，自卫队只能用来击退小规模、有限的入侵，而在更严重的入侵事件中，日本将依赖美国的援助。
1979年苏联入侵阿富汗和在苏联远东地区建立军事力量，包括北海道以北的一组岛屿，这些岛屿曾被苏联占领，但被日本占领，导致日本在20世纪80年代制定了一项计划，以实现自卫队的现代化和改进，特别是在防空和反潜作战中。20世纪90年代初，政府正在根据东西方紧张局势的缓和重新评估其安全政策。
军事任务表述的非常笼统的术语让具体内容可以广泛解释，并引发了批评，认为该国没有军事战略。在1976年的《国防计划纲要》中，内阁试图通过制定国家战备准则，包括自卫队维护和运作的具体标准，更具体地定义任务。根据这些指导方针，在有限和小规模攻击的情况下，日军将迅速作出反应，控制局势。如果敌军的攻击强度超过日本单独反击的能力，自卫队将与攻击者交战，直到美国能够提供援助。面对核威胁，日本将依赖美国的核威慑。为了完成任务，自卫队将保持监视，准备应对直接和间接的攻击，能够提供指挥、通信、后勤和训练支持，并能够提供救灾援助。
大纲规定了每支部队完成任务所需的人员和装备配额。还确定了每支部队任务的具体内容。地面自卫队的任务是抵御地面入侵和对国内安全的威胁，能够部署到全国任何地方，并保护自卫队所有三个军种的基地。MSDF的任务是应对海上入侵，扫雷，巡逻和调查周围水域，守卫和保卫沿海水域、港口、海湾和主要海峡。ASDF将提供飞机和导弹拦截能力，为海上和地面行动提供战斗机支援，为所有部队提供空中侦察和空中运输，并维持空中和固定预警部队。
1986年至1990年中期国防预算设想了一个具有扩大作用的现代化自卫队。在维持日美安全安排和宪法规定的专属防御政策的同时，该项目适度提高了日本的防御能力。其具体目标包括通过改进和现代化拦截战斗机和地对空导弹来改善防空，通过增加驱逐舰和固定翼反潜巡逻机来提高反潜作战能力，以及提升情报、侦察、指挥、控制和通信能力。该计划的大部分目标都实现了，1991财年至1995财年中期国防预算的目标虽然是建立在早期计划的基础上，但被大大缩减了。
自卫队的救灾职责在1954年《自卫队法》第83条中有明确规定，要求各单位响应县长的援助要求，在发生洪水时协助灭火、地震灾害、搜寻失踪人员、救援和加固堤防和堤坝。自卫队没有在警察行动中使用，将来也不可能被分配任何内部安全任务。
1992年6月，日本国会通过了《联合国维持和平合作法》，允许自卫队在严格受限的条件下参与联合国的医疗、难民援助、交通、基础设施维修、选举监督和警务行动。1992- 1993年，这项法律授权在柬埔寨部署600名自卫队和75名警察，用于联合国工程和选举监测项目，并于1993年春再次派遣53人参加在莫桑比克的维持和平行动。
国防部意识到没有民众的支持就无法完成其计划，因此密切关注公众舆论。尽管日本人民对军队的怀疑挥之不去，但与20世纪50年代自卫队成立时的形式相比，20世纪80年代末的反军事主义有所缓和。当时，在二战惨败之后，大多数人已经不再相信军队能够维持和平或服务于国家利益。到了20世纪70年代中期，二战的记忆已经消失，越来越多的人认为日本的军事和外交角色应该反映其迅速增长的经济实力。与此同时，美苏在日本周边地区的战略争夺也有所增加。1976年，防卫厅长官Sakata Michita呼吁内阁通过《国防计划纲要》，以提高武装部队的质量，并更明确地界定其严格的防御作用。为了让这项计划获得认可，坂田必须同意军费开支上限为国民生产总值的1%，并禁止出口武器和军事技术。该纲要由内阁通过，根据民意调查，大约60%的人批准了该纲要。在20世纪70年代余下的时间里，一直到80年代，自卫队的质量有所提高，公众对改进后部队的认可度也有所提高。
1982年11月，当辩护机构的前总干事Nakasone Yasuhiro成为总理，他受到美国和其他西方国家的强大压力，旨在符合日本作为一个主要世界主要世界地位的更具自信的国防政策和政治权力。然而，在日本舆论中仍然存在强烈的抗麻醉师情绪，特别是在反对派方中。NakaSone选择了一个妥协解决方案，逐步构建SDF，稳步增加防守支出，同时防范超越自卫进入集体安全。1985年，他制定了中期防御估计。虽然该计划普遍公开支持，但无法满足其目标，同时保留了19世纪总线支出的1％的上限，仍有强大的公众支持。首先，政府试图通过推迟付款，仅预算主要军事硬件的初始成本来解决问题。但到1986年底，它已经变得显而易见的是，1％的天花板必须被取代。因此，1987年1月24日，在一个非凡的夜晚会面中，内阁遗弃了这个天花板。1987年3月Asahi Shimbun [东京]民意调查表明，这一举措是蔑视舆论：只有15％的人批准了拆除上限，61％的人数不赞成。 But a January 1988 poll conducted by the Office of the Prime Minister reported that 58 percent approved the defense budget of 1.004 percent of GNP for fiscal year 1987.
1987年，日本政府审查了如何协助友军保护波斯湾的航运。人们认真考虑了几种可能性，包括向海湾派遣扫雷舰。但最终，日本政府认定，向海湾地区派遣任何军队都是日本人民无法接受的。相反，日本政府同意为海湾航运安装无线电导航指南提供资金。
20世纪80年代，可持续发展基金的增值持续增长，在1988年的一项调查中，超过一半的受访者表示对可持续发展基金感兴趣，超过76%的受访者表示他们对可持续发展基金印象良好。尽管大多数受访者（63.5%）表示对可持续发展基金感兴趣的受访者意识到自卫队的主要目的是维护国家安全，这一比例甚至更高（77%）将救灾视为自卫队最有用的职能。因此，自卫队继续将其大部分时间和资源用于救灾和其他公民行动。1984年至1988年期间，自卫队应各县长的请求，协助了大约3100次救灾行动，涉及约138000人、16000辆车辆，此外，自卫队还参与了地震灾害预防行动，处置了大量二战爆炸性弹药，特别是在冲绳。自卫队还参与了公共工程项目，合作管理体育赛事，参加了一年一度的南极考察自卫队在这些地区修建了新的道路、灌溉网络和学校，特别是为了保持与国防基地附近社区的和谐关系，自卫队在这些地区修建了新的道路、灌溉网络和学校。在家庭和公共场所安装了隔音装置机场附近的公共建筑。尽管采取了这些措施，但在某些地区，当地对军事设施的抵制仍然很强烈。
1999年5月24日，日本国会(国会)通过了一套由政府发起的法案，并进行了部分修订。旨在确保《日美合作指导方针》的有效实施。国防合作(简称《指导方针》)。指导方针立法包括1999年8月25日生效的《关于确保日本在日本周围地区局势中的和平与安全措施的法律》(简称《确保日本周围地区局势中的和平与安全的法律》);1999年9月25日生效的《修改收购和交叉服务协议》;以及1999年5月28日生效的《自卫队法》第100-8条修正案。《指导方针》的通过为建立日美合作新框架的进程划上了最后一笔。这一进程是由日美两国共同发起的。1996年《关于安全的联合声明》。
With the passage of the Guidelines legislation, it has become possible for Japan to support, under the Japan-U.S. Security Treaty, the activities of the U.S. forces in �situations in areas surrounding Japan that have an important influence on Japan�s peace and security� (situations in areas surrounding Japan), situations short of a direct armed attack on Japan. In coming years, a Japan-U.S. bilateral planning and work for building a �bilateral coordination mechanism,� which are currently under way, will be carried out. Meanwhile, reactions and fears expressed by East Asian countries regarding the new framework of cooperation from the time the Japan-U.S. Joint Declaration on Security was issued and to the passage of the Guidelines legislation suggest the growing importance of promoting bilateral and multilateral security dialogue and cooperation with these countries.
根据宪法第66条的规定，作为总理室的一部分，防卫厅必须完全服从文官当局。它的首脑，总干事，有国家部长的级别。他由两名副局长(副部长)、一名议会局长和一名行政局长协助;国防设施管理局;以及内部机构。指挥机构中最高的人物是直接对国会负责的首相。在国家处于紧急状态时，首相有权在得到国会同意的情况下命令自卫队的各个组成部分采取行动。在极端紧急情况下，可以在事后获得批准。
内部机构，特别是国防政策局、财政局和装备局，通常由其他部门的官员领导，是国防部的主要权力中心和文职控制工具。国防政策局负责起草国防政策和计划，决定日常作战活动，以及在自卫队中收集和分析信息。财政局有助于制定防卫厅预算，并为防卫厅和自卫队确定支出优先次序。装备局为每个军种组织成小单位，主要负责设备采购。在防卫厅向国会推荐任何重大采购之前，都必须经过这些部门的审查。
在这些平民团体之下是身穿制服的自卫队。其高级官员是联合参谋会议(Joint Staff Council)主席，该机构包括自卫队的陆海空三军参谋长。它的主要职能是向总干事提出建议，并计划和执行联合演习。这三个分行设有员工办公室，以管理其分行的业务。虽然军衔在自卫队内部建立了指挥梯队，但这三个部门都直接向总干事负责，与联合参谋会议和三个参谋办公室是平等的机构。
这种结构排除了Pre1945总参谋人员的权力集中，但它阻碍了各种分支机构的指挥官中少数正式交流。此外，与局局中的年轻平民官员相比，他们觉得他们的高级官员已经报告了一些不满意，他们往往没有军事经验。为了纠正这种情况并通过政策事项的SDF加强投入，在20世纪80年代初，联合工作人员扩大了内部局和三个员工办公室之间建立了更好的沟通。建立了计算机化的中央指挥和通信系统以及各种战术指挥和通信系统，将服务和现场总部与国防局和彼此相互联系起来。
在1980年代，还在努力促进在发生危机时制定明确和有效的指挥政策。政府坚持军事行动只能在文职人员控制下才被允许的原则，但认识到拖延磋商可能被证明是危险的，海上自卫队的船只开始配备实弹鱼雷，战斗拦截器被允许在任何时候携带导弹。尽管长期以来，政府允许飞机在不需要得到首相许可的情况下强行降落入侵者，但船只在拦截入侵船只之前仍然需要收到具体的命令。防卫厅曾建议制定更完整的指导方针，明确自卫队作战部队在紧急情况下可以采取的行动。
自卫队与其他民间机构在应急计划方面的合作有限。尽管自卫队的运输能力通常被认为不足，但没有计划确保在危机时期为民用飞机和商业机队提供支持。1990年，正在研究立法，以使自卫队能够在《自卫队法》第76条没有具体规定的紧急情况下作出反应。
自卫队的训练包括灌输使命感。向人员提供操作和维护现代装备的科学和技术教育，以及完成任务所需的体能训练。现代装备正在逐渐取代过时的装备�1987年，防卫厅更换了通讯系统（以前依靠日本电报电话公司的电话线）尽管努力增加库存，但1990年的弹药供应以及维护和修理零件的供应仍然不令人满意。
防卫厅于2000年5月8日搬迁了其主要办公室，离开六本木娱乐区，在新宿附近的一家日本帝国军帝国总部旧址上建造了一座2473亿日元的综合大楼。至少7000名机构工作人员和8个机构从有40年历史的Minato ku设施转移到传统的新宿军事基地。这片占地23公顷的土地拥有8500名白天工作人员。新建筑群有五个翼。
